El municipio de Arenas de Iguña está situado en pleno valle del Besaya, en una de las rutas comerciales y de peregrinación más frecuentadas a lo largo de los siglos entre la meseta castellana y el mar Cantábrico, como pone de manifiesto la calzada romana que unía Pisoraca (Herrera de Pisuerga) con Portus Blendium (Suances). Es por esta razón que el valle de Iguña ha sido desde la antigüedad una de las zonas más pobladas de Cantabria, muestra de ello son los vestigios de los asentamientos de cántabros y romanos que habitaron esta zona. Así por ejemplo, encontramos importantes yacimientos en forma de castros y campamentos, como La Espina del Gallego, Cildá y El Cantón, entre otros.
Ya en la época medieval proliferaron los núcleos de población con los asentamientos cristianos, como testimonian las iglesias de San Román de Moroso en Bostronizo (siglo X) una de las pocas representaciones del arte mozárabe en Cantabria y documentada por primera vez en una escritura de 1119 por la que la reina doña Urraca la donaba al monasterio de Santo Domingo de Silos; y las iglesias románicas de San Juan de Raicedo (siglo XI) perteneciente a la Orden de San Juan de Jerusalén, y Nuestra Señora de La Asunción en Helecha (siglo XII).
A mediados del siglo XIV algunos de los pueblos aún eran dependientes de centros mayores, como la bailía sanjuanista de Población de Campos (Palencia) o San Salvador de Oña (Burgos), aunque algunos solares seguían dependiendo de Santillana del Mar. Durante esta época, el valle de Iguña era considerado zona de realengo y sus habitantes, hidalgos y labradores, podían escoger al señor, hasta el año 1444, cuando el Rey Juan II de Castilla donó estos lugares al Señorío de Castañeda, cuya titularidad recaía en Juan García de Manrique. Así, estos núcleos de población permanecieron subordinados a los Manrique de Lara, condes de Castañeda y marqueses de Aguilar hasta entrado el siglo XIX cuando la jurisdicción regresó al rey.
En 1822 llegó la constitución de los municipios independientes, y fue así como se instituyó el ayuntamiento de Arenas de Iguña, que desde entonces ha venido perteneciendo al partido judicial de Torrelavega
En el plano económico, al estar situada en una ruta tan transitada, esta comarca siempre ha resultado favorecida, especialmente con el Camino de las Harinas a finales del siglo XVIII. Se trataba de una infraestructura viaria que conectaba Reinosa y Alar de Rey con el puerto de Santander y que permitía la exportación de trigo y harina a América. Así, en el valle del Besaya se asentaron molinos y fábricas harineras de las que aún hoy quedan vestigios, y que en su día permitieron que la harina especializara la primera industrialización de Cantabria. El grano procedente de Castilla era transportado a través del corredor del Besaya, lo que también favoreció la mejora de las comunicaciones. A finales del siglo XIX se inició su decadencia y a partir de ahí muchas de las fábricas harineras aprovecharon su infraestructura y su situación estratégica para un nuevo ciclo de industrialización que nada tendría que ver con la molienda. Como ejemplo tenemos la fábrica de La Herrán, en Arenas de Iguña, que abrió sus puertas entorno al año 1829 y tras la Guerra Civil se convirtió en una fábrica de piensos.